Zu den häufigsten Nebenwirkungen gehören zentralnervöse Störungen wie Kopfschmerzen, Schwindel, Zittern, Schläfrigkeit, Störungen des Herz-Kreislauf-Systems, Mundtrockenheit, Verstopfung, Übelkeit und Schwitzen. Zudem sind Verwirrtheit, Konzentrationsschwierigkeiten, Libidoverminderung, Hypomanie, Manie, Ängstlichkeit, paradoxe Schlaflosigkeit und Albträume möglich.
Aufgrund der Gefahr eines möglicherweise lebensbedrohlichen Serotonin-Syndroms darf Amitriptylin nicht gleichzeitig mit MAO-Hemmern angewendet werden!